1. 目录

[TOC]

2. 基础（以官网为准！）

2.1. 准备工作

1. linux系统：建议vmware 安装ubuntu。
2. （科学上网工具：clash + 机场订阅，用于访问github等网站）

官网开始学习

workshop研讨会视频-B站

workshop研讨会视频-YouTube

2.2. 新建程序

官网——手动GCC调试

# 创建程序，取名
cd ~/projects
./moose/scripts/stork.sh 程序名

# 先去GitHub新建同名仓库
# 继续
cd 程序名
git remote add origin https://github.com/xxx/仓库名.git
git commit -m "initial commit"
git push -u origin main

# 自动化保存为MOOSE代码格式
./scripts/install-format-hook.sh

## 提交
git add -A
git commit -a -m "." -- no-verify
git push

2.3. 编译测试运行

# 常用
clear && make -j4 METHOD=dbg && mpiexec -n84 ./phase2eq5-dbg -i problems/1.i  -pc_type svd -snes_type vinewtonssls

# 基础
make -j4 METHOD=dbg
./run_tests -j4

# 多线程并行
mpiexec -n 4 xxx-opt -i xx.i
# 注意，C++使用多线程在输出的时候信息可能会覆盖。比如40个网格4线程输出残差，最后控制台只能看到最后的10个网格的残差。
# opt 模式比 dbg 快近 5 倍

# 调试 + 限制变量值
gdb --args ./phase2eq4-dbg -i problems/liquid2vapor.i  -pc_type svd -snes_type vinewtonssls
# 浮点溢出断点
break libmesh_handleFPE
# [线程终止](https://mooseframework.inl.gov/getting_started/examples_and_tutorials/examples/ex21_debugging.html)
break MPI_Abort

# [并行调试 / 多线程调试：首先确认该问题只能在并行运行时重现](https://mooseframework.inl.gov/application_development/debugging.html#b4fcff15-e278-407f-9620-f1bd1d0d4f6c)
# 需要使用 Xterm 终端（Ctrl + 鼠标左中右键进行设置）
sudo apt-get install xterm
mpiexec -n 6 ./phase2eq6-dbg -i problems/1.i  --start-in-debugger='gdb'
# 两种办法
# 1. 原始终端为每个 MPI 进程启动一个新终端。
# 需要我们逐一调试，例如设置浮点溢出断点 b libmesh_handleFPE。然后逐一输入命令c继续，原始终端终于开始运行。
# 到达报错的断点处时，该进程的相应终端会报错，然后我们就可以在那个终端上像单线程调试一样工作了，例如命令bt回溯代码栈。


# 不计算，只后处理
# 在输入卡[Problem]块中填入solve = false

3. 使用技巧

3.1. 减小时间步长有利于提高稳定性

3.2. 提交代码提示 代码不符合规范

Your code is not properly formatted. Run git clang-format to resolve the following issues: ...

git clang-format

3.3. kernel 编写

变量是谁 变量 = 标量 / 矢量 需要耦合哪些变量、物性、辅助变量

3.4. 输入文件启用禁用块

启用禁用块: active = [blockname]，inactive = [blockname]

3.5. 重装 MOOSE

官网——手动GCC调试

# 克隆 MOOSE 官方仓库
mkdir ~/projects
cd ~/projects
git clone https://github.com/idaholab/moose.git
cd moose
git checkout master

# 编译 PETSc
cd ~/projects/moose
unset PETSC_DIR PETSC_ARCH
./scripts/update_and_rebuild_petsc.sh --prefix=/home/lee/software/petsc
export PETSC_DIR=/home/lee/software/petsc

# 测试 PETCs
cd ./petsc
make PETSC_DIR=/home/lee/projects/moose/scripts/../petsc PETSC_ARCH=arch-moose check

# 编译 libMesh
cd ~/projects/moose
./scripts/update_and_rebuild_libmesh.sh

# 编译、测试 MOOSE(8G时-j4初次编译会死机！每个处理器都要占用2G内存)
cd ~/projects/moose/test
make -j 3
./run_tests -j 3

3.6. 限制变量值

限制变量值

# 一定要在运行时加 -snes_type vinewtonssls 或 -snes_type vinewtonrsls才能生效
# PJFNK 用 vinewtonrsls
./phase2eq4-dbg -i problems/liquidvapor.i -snes_type vinewtonssls
./phase2eq4-dbg -i problems/liquidvapor.i -snes_type vinewtonrsls

[Bounds]
  [./u_upper_bound]
    type = ConstantBoundsAux
    variable = bounds_dummy
    bounded_variable = alpha
    bound_type = upper
    bound_value = 1
  [../]
  [./u_lower_bound]
    type = ConstantBoundsAux
    variable = bounds_dummy
    bounded_variable = alpha
    bound_type = lower
    bound_value = 0
  [../]
[]

[AuxVariables]
  [./bounds_dummy]
    order = FIRST
    family = LAGRANGE
  [../]
[]

3.7. vscode 配置文件

https://mooseframework.inl.gov/help/development/VSCode.html

应该是ctrl shift p-> settings.json->open user settings (~/.config/Code/User/settings.json)

3.8. moose输出残差

不同kernel的precomputeQpResidual()函数有时候输出的数量不一致,例如最常见的是每次输出4个/2个, 一般2个输出的是正确的值,4个则需要分别两两相加 例如 v2rhoudalphadz 出现两次: -1.43717与1.27698 35.9669 -0.031291相等 v2alpharhodudz (-0.0804875出现4次, -0.0804875+ -0.0215666= -0.102054256 才等于0.00096017135.9669-2.95515

v2rhoudalphadz (-1.43717,{}) v2rhoudalphadzu_v (1.27698,{}) v2rhoudalphadzrho_v (35.9669,{}) v2rhoudalphadzgrad_u_v (-0.031291,{}) v2rhoudalphadz (-1.37953,{}) v2rhoudalphadzu_v (1.2258,{}) v2rhoudalphadzrho_v (35.9659,{}) v2rhoudalphadzgrad_u_v (-0.031291,{}) v2alphaudrhodpdpdz (-7.59565e-05,{}) v2alphaudrhodpdpdz (-2.03525e-05,{}) v2alphaudrhodpdpdz (-8.50894e-06,{}) v2alphaudrhodpdpdz (-3.17558e-05,{}) v2alpharhodudz (-0.0804875,{}) v2alpharhodudzalpha (0.000960171,{}) v2alpharhodudzrho_v (35.9669,{}) v2alpharhodudzgrad_u_v (-2.95515,{}) v2alpharhodudz (-0.0215666,{}) v2alpharhodudzalpha (0.000960171,{}) v2alpharhodudzrho_v (35.9669,{}) v2alpharhodudzgrad_u_v (-2.95515,{}) v2alpharhodudz (-0.00939288,{}) v2alpharhodudzalpha (0.000418194,{}) v2alpharhodudzrho_v (35.9659,{}) v2alpharhodudzgrad_u_v (-2.95515,{}) v2alpharhodudz (-0.0350547,{}) v2alpharhodudzalpha (0.000418194,{}) v2alpharhodudzrho_v (35.9659,{}) v2alpharhodudzgrad_u_v (-2.95515,{})

3.9. 自定义后处理的先后顺序

(没用过)参数 execution_order_group

https://mooseframework.inl.gov/moose/syntax/UserObjects/index.html

4. 未整理

4.1. 矢量速度

ADReal j_g = (1 - alpha_g) _u[_qp] ADRealVectorValue(1, 0, 0);

4.2. min,max函数不匹配

min(170 * (Re / Re), -Re / 6e4)

4.2.1. ADReal就是（double，偏导）

typedef double libMesh::Real
typedef DualNumber<Real, DNDerivativeType, /*allow_skiping_derivatives=*/true> DualReal;
typedef DualReal ADReal;